膜清洗一般分为物理清洗和化学清洗。物理清洗包括曝气清洗、水反洗和超声波清洗；化学清洗为化学物质清洗，如使用次氯酸钠和盐酸等进行清洗。
1．物理清洗
物理清洗主要是依靠物理机械的冲刷及反冲洗使得膜表面和膜孔内的污染物脱落的过程。物理清洗所需设备简单，但清洗效果有限，不能彻底清除膜污染，只能作为一种维护手段。
（1）曝气清洗
曝气清洗初期受有机物污染的膜之清洗是有效的。曝气清洗是一种强化水流循环作用的物理清洗方法，曝气会形成水和空气的气泡流体，气泡尾流在膜表面产生剪切作用。气泡尾流区的体积和气泡的尺寸成正比，当气液流动呈大气泡流动时，较大气泡产生的较大尾流区更有利于抑制膜污染的发展。
大量气泡以较高速度穿过膜组件以及气体夹带的水流对膜表面的冲刷作用，使膜表面处于剧烈紊动状态，避免了凝胶层的增厚和堵塞物质的积累，可延长膜清洗周期。同时这种紊动作用还从两方面减缓了浓差极化现象，一是通过曝气提高水流速度，使其处于紊流状态，让膜表面的高浓度与主流浓度更好地混合；二是对膜表面不断进行清洗，消除已形成的凝胶层。
（2）水反洗
水反洗模式是保证浸没式膜在各种运行条件下保持最佳透水性的最简单的方法之一。反洗是指在膜出水口施加一个反冲洗压力，将水流反向通过膜，使膜孔轻微膨胀，驱除黏附在膜丝表面的固体颗粒。水反冲洗结束后，膜系统一般需停歇一段时间，停歇控制是反洗的一个备用选择。停歇模式下，停止产水，在此期间膜表面积累的固体颗粒将通过膜曝气被带走。
（3）超声波清洗膜
超声波清洗是利用超声波在水中引起剧烈的紊流、气穴和震动而达到去除膜污染的目的。研究表明，利用超声波清洗膜也有一定的效果，尤其对于采用一般常规清洗方法难以达到要求及几何形状比较复杂的被清洗物，超声波效果更为明显。如附着生长型MBR的污染膜表面黏性较大，常规物理清洗效果差，采用超声波清洗，能使膜通透性恢复约30％。
2．化学清洗
（1）化学清洗药剂
化学清洗通常是根据膜的污染程度，用氧化剂（次氯酸钠等）、酸（草酸、柠檬酸、盐酸等）、碱（氢氧化钠等）、络合剂、表面活性剂、酶、洗涤剂等化学清洗剂对膜进行浸泡和清洗，是一种去除膜污染的相对最有效的方法。对于不同材质的膜，应选择不同的化学清洗剂，并防止化学清洗剂对膜造成损坏。用低浓度的氧化剂可以对污染较轻的膜组件进行在线清洗；而对于污染严重的膜组件，需加入酸、碱或氧化剂浸泡清洗；碱性清洗液可以有效去除蛋白质污染，破坏凝胶层，使其从膜表面剥离下来；酸类清洗剂可以溶解并去除无机矿物质和盐类，溶出结合在凝胶层和水垢层中的铜、镁等无机金属离子，将残存的凝胶层和水垢层从膜表面彻底清洗以恢复其通透能力。如对于大分子物质等在膜表面形成的凝胶层，水反冲洗效果甚微，可用酸或碱液浸泡清洗污染膜。碱性条件下有机物、二氧化硅和生物污染物易被清除。
（2）在线化学清洗
在正常过滤过程以外，定期化学清洗对保持膜使用性能也是非常重要的。通过进行不同程度的定期清洗，减少系统恢复性清洗的频率，让膜能够保持最佳的状态。
在线化学清洗的原理是：在药剂从膜的一端流向另一端的连续循环过程中，药液在膜的内表面充分接触，杀死并氧化滋生在膜面上的微生物，再使微生物残体和溶液同时从膜内部排出。在线化学清洗的优点为：清洗较快，清洗时可以借助曝气系统进行曝气。
在线化学清洗分维护性清洗、恢复性清洗两种方式。
①维护性清洗
维护性清洗方式持续时间较短，采用较低的化学药品浓度，清洗频率较高，目的在手保持裂的透水性和延长恢复性清洗周期。维护性清洗方式不能完全取代外恢复性清洗，面只能是延长恢复性清洗的周期，减小恢复性清洗次数。
维护性清洗通过人机界面设定，并按照24h由PLC自动启动。操作时，可以选择每天进行一格膜池膜的维护性清洗。当需要进行维护性清洗时，需要清洗的膜列将首先完成当前的产水周期再进行清洗，或膜列处于待机状态就可直接开始维护性清洗。维护性清洗的过程是全自动的，并设定在清洗当天中的非高峰流量时段。
在空池下，也可以进行维护性清洗。空池方式具有以下特点：操作人员设定频率后可全自动进行：膜池排空；要求较低的药品浓度。与反洗程序类似，维护性清洗的频率和持续时间可以根据运行条件和污泥特性的变化来进行优化
②恢复性清洗
清洗持续时间较长、采用化学药品浓度较高，清洗频率较低，目的在于恢复膜的透水性。恢复性清洗是当产水过程中透膜压差达到最大预计值时启动的。
恢复性清洗用于在膜污堵后恢复膜的透水性。恢复性清洗应该在膜通量下降到50％以下时启动。恢复性清洗过程包括与维护性清洗类似的加药反洗，然后是化学浸泡过程。恢复性清洗的主要特点是：
启动后自动进行：
注同时清洗一格膜池中的所有膜箱；
3.要求适合的化学药品浓度。
当清洗结束后，如果需要额外的中和，则清洗药液需转移到化学清洗池，用亚硫酸氢钠和氢氧化钠中和。中和方式采用化学清洗泵做内循环，在线加药中和。可以采用余氯仪、pH仪指示中和过程是否完成。
对于较大的项目，一般需要设置恢复性清洗池，采用吊车将需要清洗膜组件吊往清洗池，再采用一定浓度的药液浸泡处理。
