与好氧过程相比,由于厌氧过程大大减少了生物体的合成量,所以除氮以外对其他营养元素的需要都成比例地减少了。除了对N和P两种元素的需要外,一些含硫化合物(如硫酸盐等)及某些金属元素对甲烷菌的激活作用也是不容忽视的。尽管甲烷菌对含硫化合物和磷有特殊需要,但在反应器内这两种元素维持非常低的浓度即可满足其需要,但一般说来,氮的浓度必须保持在40~70mgL的范围内才能维持甲烷菌的活性。所有微生物都离不开微量金属元素,但厌氧生物处理中的微量金属含量却能带来明显的运行问题。铁、钴、镍和锌是最常报道有激活作用的微量金属元素,甚至有报道称钨、锰、钼、硒及硼等元素对甲烷菌代谢具有激活作用。