丝状细菌同菌胶团细菌一样,是活性污泥的重要组成部分。其长丝状形态有利于其在固相上附着生长,保持一定的细胞密度,防止单个细胞状态时被微型动物吞食;细丝状形态的比表面积大,有利于摄取低浓度底物,在底物浓度相对较低的条件下比胶团菌增殖速度快，在底物浓度较高时则比胶团菌增殖速度慢。一般认为,丝状细菌活性污泥中交叉穿织在菌胶团之间,或附着生长于絮凝体的表面,少数种类游离于污泥絮粒之间。

丝状细菌增殖速率快、吸附能力强、耐供氧不足能力以及在低基质浓度条件下的生活能力都很强,因此在污水生物处理生态系统中存活的种类多、数量大。丝状细菌具有很强的氧化分解有机物的能力,当污泥中丝状菌在数量上超过菌胶团细菌时,会使污泥絮凝体沉降性能变差,严重时能引起污泥膨胀,造成出水水质下降。由活性污泥的结构可以看出,活性污泥膨胀可分为结构丝状菌膨胀和非结构丝状菌膨胀,前者只需创造有利于胶团菌增长的条件即可解决,后者胶团菌难于附着在非结构丝状菌上生长,可以采取投加杀虫剂的办法毒杀。

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